Op 4 december 1661 trouwde Jan van Amstel – inmiddels protestants geworden – met de 36-jarige Cornelia Schaegen, telg van een welgestelde familie uit Alkmaar. Ze gingen wonen aan de Herengracht in Amsterdam. Blijkbaar overleed Cornelia niet lang daarna, want op 29 januari 1667 trouwde Jan met de 24-jarige Anna van Bocxhoorn. Zij vestigden zich aan de Rouaanse Kay in Amsterdam. In december kocht Jan ook een huis in Schijndel, wellicht met het oog op zijn oude dag.