Het werken voor de zeevloot had vooral als doel de handelsbelangen van de Republiek op zee te verdedigen. In vredestijd bestond dit uit het beschermen van handelsschepen tegen piraten en het houden van schoonmaakacties om het Middellandse Zeegebied van gespuis te ontdoen. Daarnaast kwam het regelmatig tot conflicten met andere zeenaties. Zo voerde van Amstel in 1659 onder Michiel de Ruyter het bevel over oorlogsschip De Provinciën in de Zweeds-Nederlandse Oorlog, die erop gericht was de Hollandse belangen op de Oostzee te verdedigen. Tussen 1665 en 1667 nam Van Amstel deel aan de Tweede Engels-Nederlandse Oorlog, eerst als bevelhebber van De Vryheydt, in 1667 met oorlogsschip ‘t Tydtverdryf.