In 1668 raakte Van Amstel tijdens een schoonmaakactie in het Middellandse Zeegebied zwaargewond en werd eervol ontslagen. Korte tijd later verhuisde hij met zijn vrouw naar Schijndel, waar hij op 29 september 1669 overleed. Zijn weduwe keerde terug naar Amsterdam.

In de loop der tijd heeft de marine een mijnenveger (1937-1942) en twee fregatten (1950-1968 en 1993) naar Jan van Amstel genoemd. Ook de klasse van vaartuigen waartoe de eerste twee behoorden, droeg zijn naam.