Na zijn afscheid als premier werd Jan de Quay lid van de Eerste Kamer. Eind 1966 was hij nog korte tijd vicepremier en minister van Verkeer en Waterstaat in het interim-kabinet Zijlstra. Bovendien had hij nog een aantal nevenfuncties, waaronder commissariaten bij de KLM, de DAF en De Nederlandse Bank. Vanaf 1969 trok De Quay zich steeds meer terug op zijn familielandgoed 'De Hiersenhof' in Beers (gemeente Cuijk). Daar overleed hij op 83-jarige leeftijd.