Bij het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog vluchtte de Philips-top via Engeland naar de VS. Frits bleef echter op zijn post en kreeg – net 35 jaar oud – de zware taak het bedrijf zo goed mogelijk door de oorlog heen te loodsen. De gedwongen samenwerking met de bezetter leidde tot geallieerde bombardementen op Eindhoven en als gevolg daarvan tot veel burgerslachtoffers. De talloze verhalen over sabotageacties door Philips-personeel zijn niet altijd hard te maken. Feit is wel, dat het bedrijf onder het oog van de Duitsers in het geheim de zender voor Herrijzend Nederland voorbereidde en dat de productietekeningen van een nieuwe radiobuis voor radartoepassingen met de top naar Engeland – en dus naar de geallieerden - verdwenen.

Philips probeerde tijdens de oorlog zo goed mogelijk voor het personeel te zorgen. Zo werden er extra warme maaltijden verstrekt (de ‘Philiprak’) en werd er een werkkamp in kamp Vught gevestigd om Joodse werknemers te beschermen: het Philips Kommando. Dat lukte: 382 van de 496 ‘Philipsjoden’ overleefden de oorlog. In 1996 kreeg Frits hiervoor de Israëlische Yad Vashem-medaille.