De crisis in de jaren ’30 en de daaropvolgende Tweede Wereldoorlog luidden een donkere periode in. De opdrachtenportefeuille raakte leeg. Valk werd tijdens de oorlog niet alleen lid van de door de Duitsers ingestelde Kultuurkamer, hij had zich in de jaren ’30 ook al aangesloten bij het fascistische Zwart Front en was zelfs afdelingsleider in Den Bosch. Door zijn verleden mocht hij de eerste drie jaren na de oorlog niet werken voor de overheid.

Vanaf 1948 voerde architectenbureau Valk veel wederopbouwprojecten uit. Hendrik leverde nog een paar belangrijke ontwerpen af, maar trok zich langzaamaan terug uit de uitvoering en liet steeds meer werk over aan zijn zonen Gerard en Henk, die inmiddels bij hem waren komen werken. Vanaf de dood van zijn vrouw in 1958 was Hendrik niet meer actief als architect en 15 jaar later overleed hij op 87-jarige leeftijd in zijn geliefde, zelf ontworpen Fort Antonie, vanaf 1934 zijn woon- en werkplek. Zijn oudste zoon Gerard zette het architectenbureau voort en verhuisde het naar Rosmalen.