Emile ging naar het seminarie en werd op 25 mei 1929 in Den Bosch tot priester gewijd. Zijn eerste standplaats werd Eindhoven. Daar had Philips voor de vele werknemers van buiten de stad woonwijk Philipsdorp gebouwd en Rietstra werd als kapelaan medeverantwoordelijk voor hun geestelijk welzijn. Na twee jaar vertrok hij naar Kaatsheuvel, waar hij zijn verdere loopbaan zou uitdienen. Hij begon in de Sint Jansparochie als tweede kapelaan van pastoor Völker.