Na een periode van twijfel koos Moller in 1900 echter toch voor een leven in de burgermaatschappij. Maar wel met een missie: het bevorderen van goed katholiek middelbaar onderwijs. Als eerste door het oprichten van de RK Leergangen, bedoeld voor het opleiden van leraren voor het katholiek middelbaar onderwijs. Naast initiatiefnemer en leraar Nederlands werd Moller ook de eerste rector. De leergangen werden in 1912 in Amsterdam opgericht, maar verhuisden niet lang daarna op verzoek van enkele geestelijken naar Den Bosch. In 1918 veranderde de standplaats in Tilburg.

Eind 1920 werd Moller gedwongen om als leraar én rector ontslag te nemen bij de RK Leergangen, vanwege onenigheden met het bestuur. Om toch in zijn levensonderhoud te kunnen blijven voorzien gaf hij privéles en hield hij lezingen.