Moller was ook actief op het gebied van de Nederlandse taal. Direct na zijn terugkeer in de burgermaatschappij volgde hij een universitaire studie Nederlands. In 1907 promoveerde hij op een werk van Vondel en hij publiceerde daarna nog diverse studies over hem.

Als redactielid was Hendrik Moller betrokken bij diverse bladen, waaronder het recensieblad Lectuur en het Tijdschrift voor Taal en Letteren. In 1922 zag dankzij hem het blad Roeping ('Maandschrift voor Schoonheid') het licht, waarvan hij tot 1928 hoofdredacteur was.