Het van oorsprong Noordduitse geslacht Hanewinckel kwam in het midden van de 17e eeuw naar Brabant. In 1654 werd ene Johannes Hanewinckel aangesteld als predikant in Gemert en werd stamvader van generaties van Brabantse predikanten en schoolmeesters. Ook predikantenzoon Stephanus volgde dat pad. Na jaren thuis door zijn vader onderricht te zijn, ging hij in 1784 theologie studeren in Groningen. Zes jaar later, direct na het afronden van zijn studie, werd hij bevestigd in Bakel, waar hij predikte voor een gemeenschap van nog geen twintig leden. Na een jaar vertrok hij naar de hervormde gemeente van Aarle, Beek en Lieshout.