Katholiek versus protestant

Elisabeth was katholiek en bracht een groot deel van haar jeugd in Brussel door aan het hof van aartshertogin Isabella, dochter van koning Filips II en landvoogdes van de Zuidelijke Nederlanden. Elisabeth vertoefde echter ook vaak in protestantse hofkringen in Den Haag, onder andere rond Amalia van Solms. Deze achtergrond hielp haar ongetwijfeld bij het besturen van het grotendeels protestantse Bergen op Zoom, dat de katholieke markiezin liever zag gaan dan komen. 

In de nieuwe Republiek vervulden katholieken een achtergestelde rol: ze mochten niet openlijk hun geloof belijden en geen openbare functies vervullen. Regels waaraan Elisabeth zich te houden had, bijvoorbeeld bij het benoemen van stadsbestuurders. Ze wist echter prima te manoeuvreren in de ruimte die ze kreeg, en het lukte haar redelijk om beide kampen te vriend te houden. 

In haar vriendschap met de protestantse Elisabeth Stuart ging het op enig moment echter wel mis. De Engelse Stuart leefde al jaren met haar kinderen in ballingschap in Den Haag. Haar dochter Louise Hollandine wilde katholiek worden en had Elisabeth om raad gevraagd, en om hulp bij haar (geslaagde) vlucht naar Frankrijk. Toen Elisabeth Stuart dit ontdekte, was ze ‘not amused’ en zorgde ervoor dat haar voormalige vriendin in 1658 een deel van haar bevoegdheden kwijtraakte. Een jaar later werd deze beslissing echter weer teruggedraaid.