Jan Vis overleed op 25 oktober 2007 in het Catharinaziekenhuis in Eindhoven. Vijf dagen later werd hij hier begraven na een drukbezochte afscheidsdienst in de Sint Jan in Den Bosch. Bij zijn afscheid waren veel grote namen uit de Nederlandse muziekwereld aanwezig, waaronder Guus Meeuwis, Koos Alberts, René Froger en huisvriend Albert West.