Tijdens en vlak na de Tweede Wereldoorlog kregen Jan en zijn gezin ook privé de nodige ellende te verstouwen. Zo overleed in december 1940 oudste dochter Fien (*1912) na een ongeluk met haar paard. Tijdens de oorlog werden twee zonen opgepakt wegens verzetsactiviteiten. Oudste zoon Jan (*1914) zat achtereenvolgens gevangen in Scheveningen, Amersfoort, Vught en Sachsenhausen. Hij overleefde de oorlog, maar overleed in 1956 aan de gevolgen van zijn gevangenschap. Zoon Joost (*1919)  was lid van verzetsgroep Trouw en werd in augustus 1944 in Vught gefusilleerd. Zoon Bernard (*1921) overleed in 1949 tijdens zijn militaire dienst in Nederlands-Indië.