Jan is later veelvuldig geroemd om de tactvolle en onverschrokken manier waarop hij zijn stad door de oorlog leidde. Zo wist hij in 1944 te voorkomen dat de Sicherheitsdienst represailles uitvoerde na de spectaculaire Tilburgse zegeltjeskraak, waarbij 105.000 controlezegels voor de distributiestamkaart waren ontvreemd uit het stadhuis.

Toen Jan weigerde om vrijwilligers aan te wijzen voor dwangarbeid in Zeeland, werd hij op 12 juli 1944 door de Duitse rijkscommissaris met onmiddellijke ingang uit zijn ambt gezet. NSB’er Harmanus Hondius werd benoemd tot waarnemend burgemeester. Van de Mortel werd gegijzeld in Sint-Michielsgestel en Vught. Bij de bevrijding van Tilburg (27 oktober 1944) werd hij door de geallieerden in zijn functie hersteld. Hij bleef burgemeester tot zijn pensioen in 1946.