Verhees was ook actief als architect van met name kerken en raadhuizen. Zo was hij betrokken bij de bouw van de hervormde kerken in Boxtel, Udenhout en Urk, en ontwierp hij de raadhuizen van Drunen, Erp, Liempde, Sint-Michielsgestel en Tilburg. Ook adviseerde hij bij de verbouwingen van tuchthuizen in Breda en ’s-Hertogenbosch, en bij de restauraties van kasteel Stapelen (Boxtel) en De Strijdhoef in Udenhout.

Daarnaast is Verhees nog steeds bekend vanwege de vele schetsen die hij tussen 1787 en 1809 maakte en waarmee hij het toenmalige uiterlijk van met name veel kerken vereeuwigde. In totaal zijn er zo’n 240 schetsen bewaard gebleven.