In 1977 verhuisde Muskens naar Rome. Hier werd hij rector van het Pauselijk Nederlands College. Hij stelde het college ook open voor niet-Nederlandse studenten, bijvoorbeeld voor de Ghanees Peter Turkson die in 2013 nog kandidaat voor het pausschap was. Als rector was Muskens ook adviseur bij de Nederlandse ambassade en het Vaticaan. Daarnaast werkte hij als docent kerkgeschiedenis en schreef hij enkele boeken. In 1989 zorgde hij ervoor dat de Kerk der Friezen - een kerkje vlakbij het Sint-Pietersplein – weer in Nederlandse handen kwam. Hij maakte het tot de ontmoetingsplek voor Nederlandse gelovigen in Rome. In 1984 werd Muskens ereprelaat van de paus en in 1992 werd hij kanunnik van de Sint-Pieter.