Maar Tiny had een ander doel voor ogen: hij wilde de missie in. Om zich daarop voor te bereiden, ging hij in 1964 aan de Nijmeegse universiteit missiologie studeren. In het kader van zijn studie reisde Muskens een jaar door Azië. Tijdens deze reis maakte hij kennis met Indonesië, het land dat zijn hart stal en dat in 1969 onderwerp was van zijn proefschrift. Na zijn promotie tot doctor in de theologie ging Muskens terug naar Indonesië en werkte er onder andere bij het secretariaat van de Indonesische bisschoppenconferentie en bij de Unie van Katholieke Universiteiten in Indonesië.