In 1999 kreeg Muskens twee lichte herseninfarcten, die hem dwongen het rustiger aan te gaan doen. Ondanks een goede revalidatie ging zijn gezondheid langzaamaan achteruit. In 2006 vroeg hij om een hulpbisschop en eind 2007 trad hij officieel terug. Hans van den Hende werd zijn opvolger. In februari 2008 trad Muskens in als broeder Martinus, eerst bij de paters Benedictijnen, later bij de Scheutisten. Hij bleef hier wonen tot zijn dood in 2013.

In 2009 werd Tiny Muskens benoemd tot ereburger van Breda.