Op 3 maart 1966 lastte Bisschop Bekkers op doktersadvies een periode van rust in, vanwege klachten van oververmoeidheid en aanhoudende hoofdpijn. Uit onderzoek bleek dat hij een ongeneeslijke hersentumor had en na een kort ziekbed overleed hij op 9 mei in het St. Elisabeth Ziekenhuis in Tilburg.

Zijn uitvaart werd op televisie uitgezonden en door miljoenen mensen bekeken. Na een dienst in de St. Jan in Den Bosch werd bisschop Bekkers op zijn verzoek begraven op het kerkhof in Sint Oedenrode, dat in de eerste maand na zijn overlijden al door meer dan 100.000 mensen bezocht werd. Op 19 december 1999 werd bisschop Bekkers verkozen tot Katholiek van de eeuw.